處長：吳大勇

    電話：0993-2055600

全面主持工作。主抓科研處規劃，頂層設計，組織協調。分管科協（綜合）辦公室、成果管理辦公室、國際科技合作辦公室、社會科學辦公室、校學術委員會辦公室；分管黨支部、工會、人事工作。

副處長：陳江春

電話：0993-2055996

分管重大項目辦公室、自然科學辦公室、基地與平臺管理辦公室、《石河子大學學報》（自然科學版）編輯部；分管財務、精神文明、綜合治理、保密、固定資產管理工作。